Muzeum w Nysie współpracuje z wieloma placówkami naukowymi, muzealnymi, jednostkami samorządów terytorialnych sąsiednich gmin i powiatów oraz instytucjami kultury. Zakres współpracy obejmuje takie sfery działalności, jak: prowadzenie badań naukowych, projekty edukacyjne i wydawnicze, konserwacja i ochrona zabytków, upowszechnianie i popularyzacja dóbr kultury.