Muzeum Powiatowe w Nysie jest najstarszą instytucją muzealną na Śląsku Opolskim. Powstało w 1897 r. z inicjatywy Towarzystwa Sztuki i Starożytności w Nysie (Kunst- und Altertumsverein in Neisse), którego pierwszym przewodniczącym został Johannes Hellman (1840-1924). Patronat nad Towarzystwem objął biskup wrocławski kardynał Georg Kopp, a po jego śmierci kardynał dr Adolf Bertram. Towarzystwo skupiało przedstawicieli wielu profesji i grup społecznych ówczesnej Nysy: urzędników, nauczycieli, duchownych, właścicieli ziemskich i rzemieślników. Działalność prowadziło dzięki składkom członkowskim, darowiznom, dotacjom władz miasta oraz Ministerstwa Wyznań i Oświaty.
Na siedzibę muzeum przeznaczono budynek "Starej Komendantury" nyskiego garnizonu - barokowy pałacyk przy obecnej ul. Grodzkiej. Początkowo Towarzystwo dysponowało 4 salami wystawienniczymi. W związku z rosnącą liczbą zbiorów (dzięki zakupom oraz darowiznom osób prywatnych i instytucji), w 1916 r. muzeum otrzymało w użytkowanie cały gmach Komendantury – 18 pomieszczeń ekspozycyjnych i biurowych. Na cele wystawiennicze przeznaczano również korytarz, sień i klatkę schodową.
Mimo regionalnego charakteru (Heimatmuseum), Muzeum Sztuki i Starożytności spośród innych śląskich instytucji tego typu, wyróżniało się bogactwem i różnorodnością zbiorów. Wśród ok. 33 tysięcy eksponatów prezentowano m. in.: kolekcje naczyń cynowych, szklanych i porcelanowych, militariów, rzeźby i malarstwa, naczynia liturgiczne, zabytki archeologiczne, etnograficzne i numizmatyczne, dokumenty, książki, fotografie, a także grafikę. Stanowiły one przedmiot publikacji naukowych i prasowych. Liczne i interesujące opracowania pojawiały się w periodykach opolskich, wrocławskich, a przede wszystkim w roczniku Towarzystwa - „Jahresbericht des Neisser Kunst- und Alterstumsvereins”, który ukazywał się w latach 1897-1941. Wydano 41 zeszytów zawierających łącznie 226 artykułów poświęconych zbiorom muzealnym oraz historii i sztuce ziemi nyskiej.
W siedzibie muzeum w latach 1932-1945 funkcjonował również warsztat konserwacji zabytków, prowadzony przez Wincentego Łukasza Mrzygłoda (Lukas Mrzyglod 1884-1952) - artystę malarza i jedynego wówczas konserwatora w prowincji górnośląskiej.
Dotkliwa w skutkach dla dalszej działalności instytucji, okazała się klęska powodzi, która doświadczyła Nysę w 1938 r. Zniszczeniu uległ wówczas budynek Komendantury oraz liczne zabytki, w szczególności archeologiczne i numizmatyczne. W obliczu narastających problemów lokalowych, finansowych i organizacyjnych, Towarzystwo rozwiązano w 1941 r., a zbiory muzealne przekazano władzom miasta.
Wobec nadciągającej w marcu 1945 r. Armii Czerwonej nyski magistrat podjął decyzję o ewakuowaniu do Domašova koło Jesenika najcenniejszych eksponatów. Wśród nich były: widoki Nysy z XV i XVI w., kolekcje naczyń szklanych i renesansowych pucharów, zabytki rzemiosła złotniczego, liczne księgi i dokumenty cechowe. Sporą część zbiorów etnograficznych i cechowych ukryto w leśniczówce w Przełęku koło Nysy. W budynku gimnazjum "Carolinum" zabezpieczono natomiast znaczną część kolekcji grafiki. W gmachu muzeum pozostało jednak wiele dzieł sztuki i rzemiosła artystycznego, które niemal całkowicie uległy zniszczeniu w wyniku pożaru budynku w marcu 1945 r.
Po objęciu władzy nad miastem przez administrację polską w maju 1945 r., ówczesny kierownik Powiatowego Referatu Kultury i Sztuki, architekt inż. Stanisław Kramarczyk (1904-1977) niezwłocznie rozpoczął akcję ratowania rozproszonych zbiorów muzealnych i pozyskiwania nowych dzieł sztuki z opuszczonych dworów i pałaców okolic Nysy, a także z ukrytych przez władze niemieckie depozytów. Dzięki informacjom uzyskanym od kierownika przedwojennego muzeum, Franza Bomby, udało się zabezpieczyć część ocalałych zbiorów znajdujących się w Nysie oraz sprowadzono te, które wywieziono do Przełęku. Pozostałości zbiorów nyskiego muzeum wzbogacone zostały w latach 1945-1948 o cenne kolekcje sztuki i rzemiosła artystycznego pochodzące z Biechowa, Frączkowa, Głuchołaz, Kałkowa, Paczkowa, Korfantowa, Kopic i Wierzbia. Odzyskane dobra kultury tymczasowo umieszczono w budynku "Carolinum". Zabytkowe obrazy pochodzące z pałacu w Biechowie przewieziono do Katowic, a stamtąd do Muzeum Górnośląskiego w Bytomiu, gdzie konserwował je Łukasz Mrzygłód oddelegowany przez Kramarczyka.
W lutym 1947 r., w 4 salach Ośrodka Szkoleniowego Energetyki (obecnie Zespół Szkół Technicznych przy ul. Chopina) zorganizowano pierwszą powojenną "Wystawę muzealną", na którą składały się zbiory Muzeum Sztuki i Starożytności oraz paramenty z nyskich kościołów. Dzięki zdecydowanym działaniom Stanisława Kramarczyka, poparciu władz miejskich i powiatowych, 2 maja 1947 r. uchwalono i zatwierdzono statut muzeum. Funkcję kierownika powierzono Kramarczykowi, pełnił ją z wielkim zaangażowaniem do 1960 r.
Statut muzeum określał finansowe oparcie instytucji o subwencje samorządów terytorialnych. Z dniem 17 grudnia 1949 r. podjęto postanowienie o upaństwowieniu Muzeum w Nysie. Nadzór merytoryczny sprawowały nad nim muzea okręgowe: Muzeum Górnośląskie w Bytomiu do 1951 r., Muzeum Śląskie we Wrocławiu do 1957 r., później Muzeum Śląska Opolskiego w Opolu.
Na siedzibę reaktywowanego muzeum przeznaczono secesyjny budynek przy ul. Marcinkowskiego, gdzie wcześniej mieściła się klinika chirurgiczna. Ekspozycję muzealną, obejmującą ok. 1100 obiektów, urządzono w 24 salach. Uratowane przed zniszczeniem, grabieżą, sprowadzone z pobliskich pałaców i dworów kolekcje malarstwa, m.in. włoskiego, holenderskiego, niemieckiego, z okresu XV-XIX w., jak również meble mieszczańskie i dworskie, wyroby porcelanowe, fajans i inne wyroby ośrodków artystycznych Europy Zachodniej zdecydowały o ponadregionalnym charakterze odradzającego się muzeum.
Badania wykopaliskowe prowadzone podczas odbudowy zniszczonej Nysy odkryły natomiast szereg zabytków archeologicznych. Znaczącym fragmentem tych zbiorów były przedmioty pochodzące z przypadkowych znalezisk. Wszystkie te zdobycze stanowiły imponującą pod względem ilościowym i wartości historycznej kolekcję, która służyła celom naukowym, edukacyjnymi i wystawienniczym.
Powiększające się zbiory wymagały nowej przestrzeni. W 1984 r. przekazano muzeum dawny Pałac Biskupi, stanowiący unikatowy zabytek barokowej, śląskiej architektury rezydencjonalnej. Jego usytuowanie i przestronne wnętrza sprawiały, że idealnie nadawał się do prezentowania bogatych muzealiów. Wyjątkową rolę w projekcie zmiany siedziby odegrał Franciszek Pikuła (1922-1993) dyrektor muzeum w latach 1967-1987. Ten znakomity artysta, malarz i rzeźbiarz osobiście doglądał prac remontowo-adaptacyjnych, dbając o szczegóły, by następnie z sukcesem zaaranżować całość ekspozycji. Kolejny dyrektor pani Elina Romińska kontynuowała pracę poprzedników, rozszerzając ofertę kulturalną muzeum.
Początek lat 90. i związane z tym zmiany ustrojowe przywróciły samorządom kompetencje w zakresie prowadzenia instytucji kultury. W 1999 r. muzeum stało się instytucją samorządową, podporządkowaną władzom Powiatu Nyskiego.
Od 2007 r. funkcję dyrektora Muzeum w Nysie pełniła Małgorzata Radziewicz - pedagog, doktor nauk humanistycznych, wieloletni pracownik muzeum. Powstało w tym czasie kilka nowych wystaw stałych: w 2009 r. - „Procesy czarownic na pograniczu nysko-jesenickim”, 2012 r. - „Militaria - sala im. Bazylego Rogowskiego”, 2013 r. - „Za progiem domu mieszczańskiego w Nysie 1860-1960”, 2014 r. - „Dyrektorzy Muzeum w Nysie: Stanisław Kramarczyk i Franciszek Pikuła”. Dzięki staraniom dr Małgorzaty Radziewicz udało się zakonserwować, zrekonstruować i odnowić wiele zabytków ze zbiorów muzeum, które uległy zniszczeniu podczas powodzi z 1997 r. Ponadto przeprowadzono remont dachu, część elewacji zewnętrznych Pałacu Biskupiego, w tym konserwacja kamiennych portali fasady, a także odnowiono kilka pomieszczeń ekspozycyjnych. Od 2008 r. dr Radziewicz zainicjowała pierwsze powojenne wydawnictwo muzealne, rocznik „Nyskie Szkice Muzealne”. W 2014 r., stanowisko dyrektora objął Edward Hałajko – historyk i konserwator dzieł sztuki, który kontynuuje dążenia poprzedników do poszerzania działalności kulturotwórczej i popularyzatorskiej muzeum oraz dbania o stan techniczny, funkcjonalność i estetykę siedziby. W 2015 r. pozyskano i wyremontowano kilka nowych pomieszczeń ekspozycyjnych, urządzono Salę Konferencyjną, zorganizowano nową wystawę stałą „Kresy w pamięci mieszkańców Powiatu Nyskiego”. W 2016 r. miały miejsce kolejne prace remontowo-renowacyjne: odnowiono elewacje dziedzińca i przeprowadzono konserwację trzech zegarów słonecznych z początku XVIII w.
